W klasyfikacji ogólnej rzek, która jest wypadkową oceny fizyko-chemicznej i bakteriologicznej, o wyniku końcowym może przesądzić nawet jeden z 50 badanych wskaźników zanieczyszczeń, jeśli jego stężenie przekroczy wartość dopuszczalną dla klasy wymaganej zgodnie z przeznaczeniem wód badanej rzeki.
W roku 2002 żadna z rzek nie osiągnęła I klasy czystości wód, pomimo że większość badanych wskaźników nie przekraczała stężeń dopuszczalnych ustalonych dla tej klasy czystości. Drugą klasę osiągnęły odcinkowo rzeki: Czarna Maleniecka, Lubrzanka i Biała Nida, co stanowi 2,9 % całkowitej długości badanych rzek. Do III klasy zakwalifikowało się 34,7 % odcinków rzek, w tym prawie na całej długości Lubrzanka, Biała Nida i Czarna Nida oraz znaczące odcinki rzek: Czarna Maleniecka, Czarna Staszowska, Mierzawa, Pokrzywianka, Psarka i Świślina. Pozostałe 62,4 % wód nie odpowiadało normatywom żadnej z klas czystości. Poza klasą na całej długości znalazły się rzeki: Bobrza, Kamionka, Maskalis i Nidzica.
Decydujące znaczenie w klasyfikacji ogólnej jakości wód rzecznych miały wskaźniki fizyko-chemiczne z grupy biogenów (związki azotu i fosforu) oraz miano Coli.